对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。
ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。
应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，荧光原位杂交技术，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。
由于双链DNA的稳定性，原位杂交服务，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，原位杂交，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。
正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。
而是对完整的斑马鱼胚胎进行探针杂交及检测，从整体上把握探针的结合部位，然后对胚胎进行切片，以确定探针结合的具体位置。
整胚原位杂交在斑马鱼分子生物学研究中是一种非常重要的实验方法，原位杂交的探针可以是同位素的探针，用自显影来检测；也可以是非同位素的探针，通过荧光或酶法予以检测。
我们这儿所介绍的一种原位杂交的方法是通过后者，以标记探针，然后用酶联的方法进行检测。
原位杂交法是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行定量定位的方法。
原位杂交法可以在细胞标本或组织标本上进行。
另有荧光原位杂交使用DNA或者RNA探针来检测与其互补的另一条链在细菌或其他真核细胞中的位置RNA原位核酸杂交又称RNA原位杂交组织化学或RNA原位杂交。
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